[已解决]python if __name__ == "__main__": 问题

likuo

1. #!/usr/bin/env python
   
2. # -*- coding: utf-8 -*-
   
3. 
   
4. import sys
   
5. from collections import OrderedDict
   
6. args=sys.argv
   
7. family_barcode_dict = OrderedDict()
   
8. family_fastq_dict = OrderedDict()
   
9. #创建一个字典对应barcode和sampleID
   
10. def makedict(barcode_sample):
    
11.     with open(barcode_sample) as f:
    
12.         for line in f:
    
13.             sampleID=f.split("\t")[0]
    
14.             barcode=f.split("\t")[1]
    
15.             if barcode not in family_barcode_dict:#这里检索的是key有没有在字典里面
    
16.                 family_barcode_dict[barcode]=sampleID #sampleID当做value
    
17. 
    
18. #运行完一个megapool以后，需要把dict这个字典里面的信息清零，然后再运行下一个megapool
    
19. #将不同样本的信息传入到不同的list里面
    
20. def divide_sample_fastq(index,r1,r2):
    
21.     with open(index,"r") as f1, open(r1,"r") as f2, open(r2,"r") as f3:
    
22.         while True: #因为这三个文件的格式是fastq,四行一个单位，所以一次读取四行进行处理
    
23.             index_line_1=f1.readline().strip("\n")
    
24.             if not (index_line_1):
    
25.                 break
    
26.             r1_line_1=f2.readline().strip("\n")
    
27.             r2_line_1=f3.readline().strip("\n")
    
28.             index_line_2=f1.readline().strip("\n")
    
29.             r1_line_2=f2.readline().strip("\n")
    
30.             r2_line_2=f3.readline().strip("\n")
    
31.             index_line_3=f1.readline().strip("\n")
    
32.             r1_line_3=f2.readline().strip("\n")
    
33.             r2_line_3=f3.readline().strip("\n")
    
34.             index_line_4=f1.readline().strip("\n")
    
35.             r1_line_4=f2.readline().strip("\n")
    
36.             r2_line_4=f3.readline().strip("\n")
    
37.             ID=family_barcode_dict[index_line_2]#这里ID是sampelID
    
38.             r1_new_line_1=ID+":"+r1_line_1
    
39.             r2_new_line_1=ID+":"+r2_line_1
    
40.             if ID not in family_fastq_dict:
    
41.                 family_fastq_dict[ID]=[] #把相同sample的样本放在一个字典下面的同一个列表里面
    
42.             family_fastq_dict[ID].append(r1_new_line_1)
    
43.             family_fastq_dict[ID].append(r1_line_2)
    
44.             family_fastq_dict[ID].append(r1_line_3)
    
45.             family_fastq_dict[ID].append(r1_line_4)
    
46.             family_fastq_dict[ID].append(r2_new_line_1)
    
47.             family_fastq_dict[ID].append(r2_line_2)
    
48.             family_fastq_dict[ID].append(r2_line_3)
    
49.             family_fastq_dict[ID].append(r2_line_4)
    
50. 
    
51. 
    
52. def main(barcode_sample,index,r1,r2): #这里要求的是形式参数
    
53.     makedict(barcode_sample)
    
54.     divide_sample_fastq(index,r1,r2)
    
55.     for i in family_fastq_dict:
    
56.         filename=i+".fq"
    
57.         with open(filename,"w") as f:
    
58.             f.write("\n".join(family_fastq_dict[ID])
    
59. 
    
60. if __name__ == "__main__":
    
61.     main(args[1],args[2],args1[3],args[4])
    
62. 
    

复制代码

请问我运行上面的代码出现如下问题，是怎么回事。我python 不是太精通，还有能帮看看代码还有其他问题吗？谢谢
    if __name__ == "__main__":
                             ^
SyntaxError: invalid syntax

最佳答案

月排行榜 / 总排行榜

machinism

2018-5-25 09:33:14

你的 f.write("\n".join(family_fastq_dict[ID])這裏少個右括號
f.write("\n".join(family_fastq_dict[ID]))

跳转到最佳答案楼层

BngThea

我复制你的这段代码，并没有语法错误

1. if __name__ == "__main__":
   
2.     print('Ok')

复制代码

结果：

1. Ok

复制代码

likuo

BngThea 发表于 2018-5-25 08:58
我复制你的这段代码，并没有语法错误

结果：

为什么会出现下面的错误

likuo

BngThea 发表于 2018-5-25 08:58
我复制你的这段代码，并没有语法错误

结果：

我用pycharm运行的，输入四个参数，以空格分开。分别对应args[1],args[2],args1[3],args[4]

BngThea

错误提示是 if 这里语法错误

你说的下面的错误是指什么

machinism

你的 f.write("\n".join(family_fastq_dict[ID])這裏少個右括號
f.write("\n".join(family_fastq_dict[ID]))

likuo

BngThea 发表于 2018-5-25 09:32
错误提示是 if 这里语法错误

你说的下面的错误是指什么

我运行了一下，还是if 出现错误。我把这句话复制到自带的IDLE里面运行也没问题。不知道吃pycharm原因吗？

BngThea

likuo 发表于 2018-5-25 09:41
我运行了一下，还是if 出现错误。我把这句话复制到自带的IDLE里面运行也没问题。不知道吃pycharm原因吗？

6楼正解，上面的58行右边少了一个括号

likuo

machinism 发表于 2018-5-25 09:33
你的 f.write("\n".join(family_fastq_dict)這裏少個右括號
f.write("\n".join(family_fastq_dict))

谢谢，自己写的bug不好找了