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[已解决]flag 标志变量怎么理解

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发表于 2017-7-7 21:51:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 likuo 于 2017-7-7 21:53 编辑

inputfile=open('AY810830.txt')
outputfile=open('AY810830.fasta','w')
flag=0
for line in inputfile:
    if line[0:9]=='ACCESSION':
        AC=line.split()[1].strip()    #可以把多个命令写在一行里 先把行切割,再选取编号为1的位置(即第二个位置)并用strip删除前后的空格
        outputfile.write('>'+AC+'\n')  # \n为换行
    elif line[0:6]=='ORIGIN':
        flag=1
    elif flag==1:
        fields=line.split()
        if fields !=[]:
            seq=''.join(fields[1:])

            outputfile.write(seq.upper()+'\n')
inputfile.close()
outputfile.close()

加粗部分该如何解释,下面的AY810830.txt的内容



LOCUS       AY810830                 705 bp    mRNA    linear   HTC 22-JUN-2006
DEFINITION  Schistosoma japonicum SJCHGC07869 protein mRNA, partial cds.
ACCESSION   AY810830
VERSION     AY810830.1  GI:60600350
KEYWORDS    HTC.
SOURCE      Schistosoma japonicum
  ORGANISM  Schistosoma japonicum
            Eukaryota; Metazoa; Platyhelminthes; Trematoda; Digenea;
            Strigeidida; Schistosomatoidea; Schistosomatidae; Schistosoma.
REFERENCE   1  (bases 1 to 705)
  AUTHORS   Liu,F., Lu,J., Hu,W., Wang,S.Y., Cui,S.J., Chi,M., Yan,Q.,
            Wang,X.R., Song,H.D., Xu,X.N., Wang,J.J., Zhang,X.L., Zhang,X.,
            Wang,Z.Q., Xue,C.L., Brindley,P.J., McManus,D.P., Yang,P.Y.,
            Feng,Z., Chen,Z. and Han,Z.G.
  TITLE     New perspectives on host-parasite interplay by comparative
            transcriptomic and proteomic analyses of Schistosoma japonicum
  JOURNAL   PLoS Pathog. 2 (4), E29 (2006)
   PUBMED   16617374
REFERENCE   2  (bases 1 to 705)
  AUTHORS   Liu,F., Lu,J., Hu,W., Wang,S.-Y., Cui,S.-J., Chi,M., Yan,Q.,
            Wang,X.-R., Song,H.-D., Xu,X.-N., Wang,J.-J., Zhang,X.-L.,
            Wang,Z.-Q., Xue,C.-L., Brindley,P.J., McManus,D.P., Yang,P.-Y.,
            Feng,Z., Chen,Z. and Han,Z.-G.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (07-MAR-2005) Chinese National Human Genome Center at
            Shanghai, 351 Guo Shoujing Road, Shanghai 201203, China
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..705
                     /organism="Schistosoma japonicum"
                     /mol_type="mRNA"
                     /db_xref="taxon:6182"
                     /clone="SJCHGC07869"
     CDS             <1..545
                     /note="similar to insulin receptor precursor"
                     /codon_start=3
                     /product="SJCHGC07869 protein"
                     /protein_id="AAX26719.2"
                     /db_xref="GI:76155430"
                     /translation="HVESDKVPVASIHATLNGPGSIRITWSNPVKPNGLIIHYLLRYR
                     PRNHDQSYTDSNHSSSDVSLPWLTKCISMSHWSADHSEHALTSSSYIAINQKEVSRSK
                     RGYNANSSTTDGGISIKDLSPGSYEFQILAVSLAGNGEWSPTVIFNIPFYTDHNGTIN
                     RMFIELLLFTVCVPCMPHHV"
ORIGIN      
        1 ctcatgttga atctgataaa gttcctgtag catctattca tgcaacattg aatggtccgg
       61 gaagtatccg tattacgtgg tctaatccag tcaaacctaa tggtttaatt atacattatt
      121 tattgcggta tagaccaagg aatcatgatc agagttatac agatagtaac cattcgtctt
      181 cagatgtgtc gctgccatgg ttgacaaaat gtatttcgat gagtcattgg tcggctgacc
      241 attctgaaca cgcattgact tcaagttcat atatagctat taatcaaaaa gaagtatcac
      301 gaagtaaacg tggttataat gctaatagta gtactactga tggcggaatc tcaattaaag
      361 atttatcacc aggtagctat gaatttcaaa ttttagccgt ttctcttgct ggtaacggag
      421 aatggagtcc aaccgtaata ttcaatattc cattctatac agaccataat ggcacaataa
      481 accgtatgtt tatagaactc ttattattta cagtttgtgt cccatgtatg ccgcatcacg
      541 tgtaatgttt tgattaagga gattcaaatt ttatacgttc tctcataagt gatctttact
      601 tttaattgtg tgctctaaga atatacgcat tttcggttca atagattcta aaacaatgca
      661 attatgagtt agatttcatt aatgcatatg taagctaatt ttcta
//


最佳答案
2017-7-8 10:37:58
观察样本,发现一个特点:ACCESSION 的“数据”在其随后的位置,而 ORIGIN 的数据再其下方(另起一行)的位置,所以这里使用 flag 作为一次迭代的“跳板”……
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发表于 2017-7-8 10:37:58 | 显示全部楼层    本楼为最佳答案   
观察样本,发现一个特点:ACCESSION 的“数据”在其随后的位置,而 ORIGIN 的数据再其下方(另起一行)的位置,所以这里使用 flag 作为一次迭代的“跳板”……
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 楼主| 发表于 2017-7-9 15:59:46 | 显示全部楼层
小甲鱼 发表于 2017-7-8 10:37
观察样本,发现一个特点:ACCESSION 的“数据”在其随后的位置,而 ORIGIN 的数据再其下方(另起一行)的位 ...

如果是这样flag=1能理解,我想问一下flag=0应该怎么理解?
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发表于 2017-7-9 16:11:24 | 显示全部楼层
likuo 发表于 2017-7-9 15:59
如果是这样flag=1能理解,我想问一下flag=0应该怎么理解?

初始化flag为0,flag也只有那次是为0的而已,flag为1这里作者是为了实现让循环先迭代一次的效果。
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